Encara que amb indicis arqueològics de poblat ibèric (Diniu), el seu origen com a ciutat és romà (Dianium), situant-se al nord de la ciutat actual i davant de l'antic port. Els textos clàssics i restes arqueològiques indiquen que al segle I a. C. les tropes de Sertori van establir a Dianium una base naval.5 Durant l'Alt Imperi, la ciutat va gaudir d'un període d'esplendor passant de ser ciutat estipendiària a municipi. Entre 636 i 693, en temps del regne visigot, Dénia va ser seu episcopal depenent de Toledo. A la Hispània visigoda va ser seu episcopal de l'Església catòlica, sufragània de l'Arxidiòcesi de Toledo que comprenia l'antiga província romana de Cartaginense a la diòcesi d'Hispània.

A l'època musulmana, la ciutat aconseguirà el moment culminant de la seva expansió i puixança, que va generar un moment de gran vitalitat cultural. Daniyya serà la capital de la taifa creada el 1010 per l'amiri Muyahid al-Amiri al-Muwaffaq que, annexionant-se les Balears, convertirà el regne en un important centre marítim i comercial que encunyarà la seva pròpia moneda fins a la invasió almohade. La taifa va perdre la seva independència en 1076, en ser destronat Iqbal al-Dawla per Al-Muqtadir, rei hudí de la Taifa de Saragossa, de la qual va dependre fins a la invasió almoràvit (1091).

La conquesta cristiana, el 1244, va portar una seriosa reculada en el desenvolupament de la ciutat, pràcticament deshabitada en treure's d'ella la població musulmana. Repoblada a fur de València, la vila de Dénia, reduïda a l'albacara del castell, es converteix al centre del poder cristià en un terme general poblat majoritàriament per musulmans. Jaume II d'Aragó inicia l'etapa del domini senyorial, en cedir la vila el 1298 a Ponci d'Empúries. Posteriorment, sota la casa de Gandia, es converteix en comtat (1356), tornant a la Corona en temps d'Alfons el Magnànim. L'absentisme d'aquest monarca va possibilitar que el lloctinent Juan de Navarra el donés al castellà Diego Gómez de Sandoval i Rojas (1431), amb el consegüent descontentament de la vila, que va reclamar a la seva mort la reincorporació al regne (1455) amb el recolzament de la ciutat de València, que va ocupar fins a 1477 el castell, que comprenia les terres dels entorns de la ciutat, les quals reben encara el nom de Marquesado.

El comtat va romandre en mans dels Sandoval, promocionant-se a marquesat el 1487. El primer marquès de Dénia va ser Diego Gómez de Rojas i Sandoval (1487-1502). El títol va ser concedit pels Reis Catòlics ia més ostentava el títol de comte de Lerma. Es va casar amb Catarina de Mendoza, filla d'Iñigo López de Mendoza (1r marquès de Santillana). Li succeeix el seu fill (II marquès de Dénia) Bernat de Sandoval (1502-1536). Comença una relació molt directa amb els monarques, ja que es va casar amb Francisca Enríquez, cosina de Fernando el Catòlic, i obtindria el títol de Gran. El III marquès és el fill de l'anterior, Luis de Rojas i Sandoval, que comparteix vida molt íntima amb els monarques a la Cort.

El IV marquès, Francisco de Rojas i Sandoval (1570-1574), pare del duc de Lerma, segueix sent un dels cortesans més principals en temps de Felip II. Va casar amb Isabel de Borja de la casa dels ducs de Gandia. Li succeeix Francisco Gómez de Sandoval i Rojas, V marquès de Dénia, comte de Lerma i després duc de Lerma el 1599, concedit per Felip III. El duc de Lerma, cinquè marquès de Dénia i favorit de Felip III, proporciona a la vila importants prebendes i el títol de ciutat el 4 d'abril de 1612.12 el port de Dénia amb destinació a Berbería, amb el consegüent despoblament i ruïna econòmica del marquesat.

A partir del segle XVIII, la ciutat va participar obertament a la guerra de Successió, i va ser la primera a proclamar rei a l'arxiduc Carles. La guerra i les represàlies posteriors van provocar la crisi de la ciutat. Va ser finalment ocupada pels borbònics el 17 de novembre de 1708. El castell, seriosament danyat, s'enfonsarà definitivament a la Guerra del Francès. Al segle XIX Dénia es reincorpora a la Corona (1804) i experimenta un gradual creixement iniciat al barri mariner, que es va independitzar administrativament entre 1837-1839. El floreciente comerç de la passa va fer sorgir una burgesia comercial i va atreure empreses estrangeres amb el consegüent augment de població, que va passar de 6538 a 12.413 habitants (dianencs) entre 1860 i 1900.